Cuando comenzó a estudiar el desempeño de las inversiones de Madoff hace una década, Markopolos le dijo en ese momento a un colega, "No tiene sentido", recuerdan él y el colega. "Esto tiene que ser un plan Ponzi". Para Markopolos, el arresto la semana pasada de Madoff representa algo como una reivindicación tras su larga campaña. En un momento, dice, "Sólo era el niño que gritaba viene el lobo". Un abogado de Madoff no quiso comentar sobre las acusaciones de Markopolos.

El 4 de enero de 2006, la SEC inició una investigación basada en las acusaciones de Markopolos, sobre si Madoff estaba realmente operando un fraude tipo Ponzi. El equipo de la SEC recibió documentos de Madoff y de Fairfield Greenwich, un fondo de cobertura que colocó dinero con Madoff en representación de sus clientes. La SEC también entrevistó a Madoff, su asistente, un representante de Fairfield Greenwich y otro empleado. Entre otras cosas, la SEC halló que Madoff personalmente "engañó al equipo investigador sobre la naturaleza de la estrategia" usada por los fondos de Fairfield y otras cuentas de fondos de cobertura, y también "retuvo de la investigación información del equipo sobre algunas cuentas de estos clientes", dicen los documentos de la SEC.

La SEC informó que ni Madoff ni los fondos Fairfield revelaron a los inversionistas en los fondos Fairfield que Madoff era el asesor de inversiones. No se pudo contactar un abogado de Fairfield para que comentara al respecto. El informe de la SEC también señaló que Madoff infringió las reglas que requieren que los asesores financieros se registren con la SEC, lo que los hace estar sujetos a inspecciones y examinaciones. Los asesores de inversiones deben registrarse si tienen más de 15 clientes.

El equipo de la SEC recomendó cerrar la investigación debido a que Madoff había acordado registrar su negocio de asesoría de inversiones y Fairfield acordó revelar información sobre Madoff a inversionistas. La SEC informó que el equipo cerró el caso "porque las violaciones no eran tan serias como para justificar una medida fiscalizadora".